Штрафные санкции за нарушение сроков выполнения задачи

В вашем продукте реализована система начисления вознаграждения за фактически отработанные часы. При этом я не нашел инструмента установки штрафных санкций за нарушения сроков. Чтобы это мог видеть исполнитель, а также по итогам периода, лицо которое ответственно за формирование сметы оплаты могло выводить эти данные. Таким образом это могло бы повысить прозрачность для всех участников.
Возможно это реализуется в вашем продукте иначе, но я ничего подобного не нашел.

Все верно, в системе реализована система подсчета финансов но, к сожалению, не реализована система штрафов.

Как вариант, вы можете ввести свои правила начисления штрафов. Например, 1 просроченный день равен какому-то штрафу, чему именно вы решаете сами.
В разделе "Отчет" в режиме  "По людям" можно посмотреть отчет по выполненным задачам и увидеть, сколько из них закрыто просроченными.