Базовый план проекта

1. В продукте есть возможность создать базовый план проекта и отслеживать отклонения относительно него?
2. Есть ли возможность создания шаблонов проектов?
3. API ?

Как отслеживать отклонения от базового плана проекта?

Планируя задачи проекта, вы сможете указывать им сроки их выполнения. При необходимости, сможете задавать им связи (например, заканчивается первая задача - начинается вторая). После этого, вы сможете отслеживать какие задачи выполнялись в срок, какие были выполнены с задержкой или находятся в просрочке на данный момент.
Так же, в сервисе есть возможность указывать плановые затраты по вашим проектам (временные и финансовые). Сотрудники, работая в проектах, смогут вносить фактически затраты.
На основании этих данных вы сможете видеть информацию о соотношении плана к факту как по проекту в целом, так и по самим задачам проекта.
Например, как отобразить соотношение плана к факту по проекту, детально описано здесь: http://worksection.com/faq/reports-view.html#q1409

Как создать шаблон проекта?

В данном случае, вы можете создать отдельный спящий проект, назвав его, например, "Шаблонный" и в нем создать ряд задач и настроить им, при необходимости, сроки и связи и, а затем, когда будет в этом надобность, копировать эти шаблонные задачи со связями и сроками в другой проект.
Здесь подробнее описано, как это делать: http://worksection.com/faq/managing-task.html#q1424

API

Да, у нас есть API.
С документацией по API можете ознакомиться здесь: http://worksection.com/faq/api-sync.html#q1361